Youkai görebilen Takashi Natsume, büyükannesi Reiko'dan miras kalan 'Dost Defteri'ndeki isimleri sahiplerine iade etmeye çalışır. Koruyucu youkai'si Nyanko-sensei ile birlikte, bazen dostane bazen de tehlikeli youkailerle dolu bir dizi macera yaşar. Bu yolculuk, Natsume'nin kendisi ve gizemli varlıklarla olan bağları hakkında öğrenmesine vesile olur.
