Takashi Natsume kembali melanjutkan perjalanannya dengan Book of Friends. Saat terpisah dari Nyanko-sensei, ia diculik youkai misterius yang mengincar buku tersebut. Nyanko-sensei pun memimpin operasi penyelamatan dengan bantuan teman-teman youkai Natsume. Di hutan youkai monyet, mereka harus menghadapi musuh berbahaya termasuk Klan Matoba, sementara Natsume akhirnya menghadapi masa lalunya yang kelam.
