Vài năm sau The Fruit of Grisaia, Học Viện Mihama trở thành trường đào tạo đặc vụ SORD. Rena, Maki, Tohka, Gumi, Chris và Murasaki - mỗi người một tài năng đặc biệt - cùng nhau xử lý những nhiệm vụ nguy hiểm mà cảnh sát và quân đội không thể giải quyết. Đây là câu chuyện về những cô gái trẻ trong thế giới đẫm máu và thuốc súng.
