Sau khi quân Giải Phóng Altana rút lui, tình hình chiến sự tạm lắng. Nhưng khi nhà phát minh thiên tài Gengai bị bắt cóc, vũ khí bí mật khiến địch rút lui có nguy cơ bị vô hiệu hóa. Trong khi đó, vũ khí hủy diệt hành tinh trên tàu mẹ của quân địch đã được kích hoạt. Yorozuya và đồng minh phải chiến đấu trên hai mặt trận để cứu lấy Edo.
