İnsan düşünce ve duygularından oluşan "e-Pulse" enerjisi, AI destek cihazı "Sapotama" için kullanılıyor. Bu gelişmenin gölgesinde korkunç canavarlar ortaya çıkıyor. Digimon'lar, e-Pulse tüketerek evrimleşen canlılardır. Tomoro Tenma, Sapotama'sından aniden beliren Gekkomon ile tanıştıktan sonra olağanüstü bir maceraya sürüklenir.
