Takashi Natsume ve ruh arkadaşı Nyanko, büyükannesi Reiko'nun Dost Defteri'ndeki isimleri iade etmeye devam eder. Bir gün Takashi, büyükannesinin yaşadığı gizemli bir kasabayı keşfeder. Nyanko ise tuhaf bir 'Ruh Tohumu' yiyerek üçe bölünür. Takashi ve arkadaşları bu sorunu çözmeye çalışırken kasabanın sırlarını ortaya çıkarır.
