Ailesini kaybeden Shirou, büyü ve adaletin yollarını öğreten Kiritsugu Emiya tarafından evlat edinilir. Yıllar sonra, okulda iki Servant arasında geçen ölümcül bir çatışmaya tanık olur. Yaralanan Shirou, kendi Servant'ı Saber'ı çağırarak Kutsal Kâse Savaşı'na dahil olur. Artık yedi Servant ve onları çağıran büyücüler arasında geçen bir ölüm kalım mücadelesi başlar. Shirou, bir kahraman ile katil arasındaki ince çizgide idealleri ve sert gerçeklikle yüzleşerek savaşmak zorundadır.
