Utangaç ve içe dönük 14 yaşındaki Lain Iwakura, intihar eden sınıf arkadaşı Chisa'dan gizemli bir e-posta alır. Teknolojiye yabancı olmasına rağmen e-postayı açtığında, internet benzeri sanal dünya "Wired"a girer. Gerçeklik ve siber uzam arasındaki sınırlar bulanıklaşırken, Lain'in etrafında Gizemli Adamlar belirmeye başlar. Kimlik, bilinç ve algının yeni anlamlar kazandığı bu psikolojik gerilimde Lain, her iki dünyayı da etkileyecek seçimler yapmak zorundadır.
