Babasının katilini arayan Ryuuko Matoi, iz sürerek Honnouji Akademisi'ne varır. Okul, güçlü Özel Dörtlü ile birlikte acımasız öğrenci konseyi başkanı Satsuki tarafından yönetilmektedir. Ryuuko, canlı bir Kamui olan Senketsu ile tanışır ve onun gücüyle donanarak Satsuki ve ekibiyle yüzleşir. Babasının katilini bulmak için verdiği mücadelede birçok sır ortaya çıkar.
