Uzak gelecekte, Galactic Alliance insanlığın yok olmasını engellemek için Hideauze canavarlarıyla savaşmaktadır. 16 yaşındaki teğmen Ledo, bir savaş sırasında kontrolü kaybeder ve okyanusla kaplı Dünya'ya crash-landing yapar. Burada Gargantia adlı bir gemi filosu tarafından kurtarılır. Başlangıçta onları düşman sanan Ledo, zamanla bu insanların aslında barışçıl olduğunu anlar. Ancak bu sulak gezegenin göründüğünden daha fazla sırrı vardır.
