İçine kapanık youkai uzmanı ve Dost Defteri'nin sahibi Takashi Natsume, eski ve yeni arkadaşlarının yardımıyla kendini anlama ve kabullenme yolculuğuna devam eder. Onun en önemli müttefiki, obur ve sake tutkunu koruması, kibirli ama son derece korumacı kurt ruhu Madara'dır. Natsume, Nyanko-sensei'den kısa süreliğine ayrıldığı sırada, maskeli, maymun benzeri youkailer tarafından kaçırılır. "Uşağının" burnunun dibinden alındığını fark eden Nyanko-sensei, Natsume'nin youkai arkadaşlarının yardımıyla bir kurtarma operasyonu başlatır. Ancak maymun ruhlarının ormanı, Matoba Klanı da dahil birçok tehlikeli düşman barındırır.
