Anos depois dos eventos de The Fruit of Grisaia, a antiga Academia Mihama se torna uma escola de treinamento para defesa nacional. Rena, Maki, Tohka e outras jovens especialistas em armas, sniper, explosivos e inteligência enfrentam missões perigosas demais para a polícia. Esta é a história dessas garotas, pintada com sangue e pólvora.
