Após o recuo temporário do Exército de Libertação, a situação em Edo parece melhorar. Mas quando o inventor Gengai é sequestrado, o vírus que neutralizava as armas inimigas fica em risco. Enquanto isso, uma arma orbital capaz de destruir planetas é ativada. A Yorozuya e seus aliados travam batalhas em duas frentes para salvar o mundo da aniquilação.
