Ledo é um jovem soldado da Aliança Galáctica que acaba crashando na Terra após uma batalha espacial. Ele é resgatado por Gargantia, uma frota de navios que vive nos oceanos do planeta. Enquanto se adapta à nova vida pacífica, Ledo descobre que a Terra coberta de água guarda segredos perigosos que ameaçam sua nova comunidade.
