Bertahun setelah The Fruit of Grisaia, Akademi Mihama berubah menjadi sekolah pelatihan SORD untuk pertahanan nasional. Rena, Maki, Tohka, Chris, Gumi, dan Murasaki—masing-masing ahli dalam senjata, sniper, bahan peledak, dan intelijen—menangani misi berbahaya yang tak bisa diselesaikan polisi. Ini adalah kisah gadis-gadis muda yang dilukis dengan darah dan mesiu.
