Takashi Natsume memiliki kemampuan langka untuk melihat makhluk gaib bernama youkai, membuatnya selalu merasa terasing. Suatu hari, ia membebaskan Madara, roh kuat yang berwujud kucing keberuntungan. Bersama Madara yang dijuluki Nyanko-sensei, Natsume memutuskan untuk mengembalikan nama-nama youkai yang disegel neneknya di Buku Teman, sekaligus memperbaiki hubungannya dengan manusia dan youkai.
