Natsume bertemu roh yang mengenal neneknya Reiko, membawanya ke kota misterius tempat neneknya dulu tinggal. Sementara itu, Nyanko memakan buah ajaib yang membelahnya menjadi tiga. Bersama teman-temannya, Natsume berusaha memecahkan masalah ini sambil mengungkap lebih banyak rahasia tentang masa lalu neneknya.
