Shirou Emiya terlibat dalam Perang Cawan Suci kelima - pertempuran mematikan antara tujuh penyihir dan Servant mereka. Setelah secara tak sengaja memanggil Servant legendaris bernama Saber, Shirou harus bertarung demi Cawan Suci yang dapat mengabulkan segala keinginan. Dalam perjalanannya, Shirou dihadapkan pada pilihan sulit antara menjadi pahlawan seperti ayah angkatnya atau terbunuh dalam pertempuran.
