Setahun setengah setelah kejadian sebelumnya, Akane Tsunemori masih bekerja sebagai inspektor di bawah Sistem Sibyl. Ancaman baru muncul ketika seorang misterius menemukan cara memanipulasi Crime Coefficient—angka yang digunakan Sibyl untuk mengidentifikasi kriminal. Akane dan Divisi 01 harus menghadapi musuh yang membunuh seorang enforcer dan meninggalkan petunjuk berdarah "WC?". Konspirasi ini mengancam tidak hanya otoritas Sibyl, tetapi juga keyakinan Akane sendiri.
