شینیچی کودو، دانشآموز دبیرستانی و کارآگاه نابغه، توسط یک سازمان مرموز مجبور به مصرف دارویی میشود که او را به پسری هفت ساله تبدیل میکند. با نام جدید کونان ادوگاوا، هویت واقعی خود را از همه پنهان میکند و در کنار دوست قدیمیاش ران و پدرش زندگی میکند. در حالی که به طور پنهانی پروندهها را حل میکند، به دنبال یافتن سازمانی است که او را به این وضعیت دچار کرده است.
