Takashi Natsume siempre ha sido capaz de ver youkais, criaturas sobrenaturales que nadie más puede percibir, lo que lo ha convertido en un solitario. Todo cambia cuando libera a Madara, un poderoso espíritu con forma de gato, y hereda el Libro de los Amigos de su abuela. Junto a su nuevo guardaespaldas, Natsume se embarca en una misión para liberar a los youkais sellados en el libro, mejorando poco a poco sus relaciones tanto con humanos como con criaturas sobrenaturales.
