নাতসুমে এবং নিয়াঙ্কো আত্মাদের নাম ফিরিয়ে দেওয়ার কাজ চালিয়ে যাচ্ছেন। একদিন নাতসুমে মনমনবো নামক এক আত্মার সাথে দেখা করে, যে তার দাদীর স্মৃতি মনে করিয়ে দেয়। তিনি তার দাদীর অতীত শহর ঘুরে দেখতে যান এবং ইওরি ও মুকুওর সাথে বন্ধুত্ব গড়ে তোলেন। এদিকে, নিয়াঙ্কো একটি রহস্যময় 'আত্মা বীজ' খেয়ে তিনভাগে বিভক্ত হয়ে যায়। নাতসুমে এবং তার বন্ধুরা এই সমস্যার সমাধান খুঁজতে গিয়ে শহরের আরও গোপন রহস্য আবিষ্কার করে।
